Saignelégier ist eine politische Gemeinde und Hauptort des Distrikts Franches-Montagnes im Kanton Jura in der Schweiz

Die Fläche des 11,7 km² grossen Gemeindegebiets umfasst einen Abschnitt der leicht gewellten Hochfläche des Plateaujuras, auf der sich moorige, meist oberirdisch abflusslose Senken mit Kuppen aus Kalkstein abwechseln. Im Westen reicht das Gemeindegebiet bei Derrière le Cras bis an der Rand vor dem Steilabfall ins Doubstal. Die nördliche Abgrenzung bildet die Höhe des Haut Bémont (1'075 m ü. M.). Nach Südosten erstreckt sich das Gebiet über die ausgedehnten Juraweiden der Freiberge mit einzeln oder in Gruppen stehenden grossen Fichten sowie dazwischenliegenden Waldgebieten bis zur Senke des Torfmoors La Tourbière. Der höchste Punkt der Gemeinde befindet sich mit 1'088 m ü. M. auf der Höhe des Chaumont. In den Senken befinden sich die beiden Moorseen Étang de la Gruère und Étang des Royes. Von der Gemeindefläche entfielen 1997 9 % auf Siedlungen, 32 % auf Wald und Gehölze, 56 % auf Landwirtschaft und etwas weniger als 3 % war unproduktives Land.

Zu Saignelégier gehören die Weiler Les Cerlatez (1'003 m ü. M.), La Theurre (1'012 m ü. M.) und Le Chaumont (1'044 m ü. M.), alle auf der Hochfläche der Freiberge gelegen, sowie weit über die Juraweiden verstreut zahlreiche Einzelhöfe. Nachbargemeinden von Saignelégier sind Soubey, Les Enfers, Le Bémont, La Chaux-des-Breuleux, Muriaux und Le Noirmont im Kanton Jura, Tramelan im Kanton Bern sowie die französischen Gemeinden Charmauvillers, Goumois, Fessevillers und Indevillers.